Sekretariat merupakan usur pembantu pimpinan, berada di bawah dan bertanggung jawab kepada Inspektur. Sekretariat dipimpin oleh Sekretaris. Sekretariat mempunyai tugas melaksanakan pembinaan teknis dan administratif, menyusun bahan koordinasi pengawasan, memberikan pelayanan administrastif dan fungsional kepada semua unsur di lingkungan Inspektorat. Dalam melaksanakan tugas, Sekretariat Inspektorat melaksanakan fungsi:

1. penyiapan koordinasi dan penyusunan rencana program kerja, anggaran pengawasan serta penyusunan rancangan peraturan perundang-undangan di lingkungan Inspektorat;
2. penyiapan koordinasi kegiatan di lingkungan Inspektorat;
3. penyiapan pembinaan dan pemberian dukungan administrasi yang meliputi bidang ketatausahaan, kepegawaian, hukum, keuangan, kerumahtanggaan, kerja sama, hubungan masyarakat dan kearsipan di lingkungan Inspektorat;
4. penyiapan koordinasi, pembinaan dan penataan organisasi dan tata laksana di lingkungan Inspektorat;
5. penyiapan koordinasi pelaksanaan Sistem Pengendalian Intern Pemerintah dan pengelolaan sistem informasi dan dokumentasi;
6. penyiapan pengelolaan barang milik/kekayaan Daerah dan pelayanan pengadaan barang/jasa di lingkungan Inspektorat;
7. pelaksanaan evaluasi pengawasan, pengumpulan, pengelolaan, analisis dan penyajian laporan hasil pengawasan serta monitoring dan evaluasi pencapaian kinerja; dan
8. pelaksanaan tugas lain yang diberikan oleh Inspektur sesuai dengan tugas dan fungsinya.

Susunan organisasi Sekretariat terdiri atas :

1. Sub Bagian Perencanaan;
2. Sub Bagian Analisis dan Evaluasi;
3. Sub Bagian Administrasi Umum dan Keuangan.